tBLASTn比对根肿菌基因
tBLASTn比对根肿菌基因
bBLAST:
TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
蛋白质序列对核酸库的比对，核酸库中的序列按照六个读码框翻译后与蛋白质序列进行比对搜索。反之，当你不是想找跟你手上这条蛋白质序列相似的蛋白质序列，而是想找跟编码这条蛋白质序列的核酸序列相似的核酸序列的时候，就要做t
安装VMware软件
安装步骤
下面是安装VMware workstation的步骤：
（1）安装界面
（2）用户协议
（3）安装WHP
安装WHP可以让Hyper-V和VMWare
Player同时运行[1]
（4）添加系统路径
将 VMware Workstation 控制台工具添加到系统 PATH
的作用是方便在命令行或终端中直接运行该工具，而无需在其所在文件夹下输入完整的路径[2]
NCBI Genbank使用方法解析
什么是 GenBank？ GenBank
是美国国立卫生研究院（NIH）的基因序列数据库，是所有可公开获得的DNA序列的注释集合。GenBank是国际核苷酸序列数据库合作组织（International
Nucleotide Sequence Database
Collaboration）的一部分，该组织由日本DNA数据库（DDBJ）、欧洲核苷酸档案馆（ENA）和美国国立卫生研究院（NCBI
latex安装
image-20231128195831396
image-20231128195950410
image-20231128200321047
image-20231128200356815
下载后打开，选择bat，以管理员身份运行
image-20231128225156664
image-2023112822524
转录组分析
转录组分析
为了寻找表型变化背后的分子机制，可能是一个基因，更可能是多个基因组成的相互作用网络共同导致了表型的差异
在DNA层次上也许是SNP、InDel、SV、CNV、甲基化等造成的差异。
在RNA层次上也许是差异表达、可变剪切、修饰等造成的差异。
在蛋白层次上也许是蛋白的丰度差异、折叠方式差异等造成的差异。
也可能是以上这些层次之间相互影响造成的变化
为什么研究RNA层次，一般
Git 安装
进入Git的官网，下载最新版的Git客户端，我下载的是windows版本的
Git官网
选择安装组件，默认是添加两个功能到鼠标右键菜单，Git
LFS是大文件支持，后面两个"associate ..."都是关联文件
安装程序
选择 Git 默认编辑器为Vim
image-20231222230846467
决定初始化新项目(仓库)的主干名字
第一
安装Node JS
image-20231224151659100
image-20231224151827213
image-20231224151838798
image-20231224151914413
image-20231224151940458
image-20231224151957320
在cmd命令行中执行如下两条
服务器的初始化
在云服务器中访问root权限
常见命令
12345678910ls ls -h 文件大小正常显示ls -l 列表显示/bin 很多系统软件/etc /home 多用户cat .md 查看一个文件less 显示一部分
vim 的使用
/ 可以用于搜索，使用的方法如下
退出使用Q(必须大写)
如果要进行替换：
12345:s/tv/cn 替换光标所在